瑞典卡罗林斯卡研究所（Karolinska Institutet）的研究人员于上周五在《Nature Communications》杂志上发表了一种新颖而廉价的方法，能够识别高度异质性的肿瘤，这些肿瘤往往具有很强的侵袭性，因此需要更积极的治疗。

癌细胞往往有一个共同特征，那就是基因组中染色体或基因的拷贝数发生改变，这种现象称为拷贝数改变（CNA）。在同一肿瘤内，不同部位的细胞可能携带不同的CNA。携带很多CNA的肿瘤通常具有很强的侵袭性，即使积极治疗，也往往会频繁重组。

如今，卡罗林斯卡研究所生命科学实验室的研究人员开发出一种名为CUTseq的方法，能够评估同一肿瘤内不同部位的CNA数量和类型。它的成本远远低于现有技术。

文章的通讯作者之一Nicola Crosetto表示：“我希望CUTseq在癌症诊断中大显身手。为了鉴定需要更积极治疗的高度异质性肿瘤患者，如今在诊断过程中越来越多地采用多区域肿瘤测序。我相信我们的方法可以在这方面发挥主导作用。”

目前，对基因组DNA进行大规模并行测序的策略是在文库制备的最后几步添加索引。由于每个样品都必须单独生成一个文库，文库制备过程就显得既昂贵又耗时。CUTseq这种新方法利用限制性核酸内切酶和体外转录，在构建文库之前就标记和扩增基因组DNA。

CUTseq的流程图（图片来自原文）

据介绍，这种方法用独特的分子条形码来标记从同一肿瘤样本的多个区域提取出的DNA，这样人们仅仅需要一次测序实验，就能全面了解肿瘤内的CNA异质性。它不仅适用于细胞系，也适用于FFPE样本。

研究人员随后分析了FFPE肿瘤切片中多个小区域的DNA拷贝数水平，发现某些区域含有大量的CNA。这些结果凸显了CUTseq在评估肿瘤内遗传异质性方面的作用。

作者表示，CUTseq的应用不仅仅限于癌症诊断。“例如，CUTseq可作为细胞系鉴定的平台，也可以监控大型细胞库或生物样本库的基因组稳定性，”另一名通讯作者Magda Bienko说。“它还可以作为RAD-seq的替代方法，以更加经济高效的方式评估生物多样性。”